Инструментът Прозрачност променя прозрачността на главния прозорец. Това позволява да се вижда десктопа или други програми под активния прозорец. Налични са всички нива на прозрачност, от напълно прозрачен (0%) до непрозрачен (100%). Прозрачността е налична единствено в операционните системи Windows 2000 и Windows XP.